Innovation Impact Challenge-projecten bestaan uit 2 of 3 fasen:
Fase 1 betreft een haalbaarheidsonderzoek voor de innovatie, met een offertebedrag voor het opzetten van een onderzoeks- en ontwikkeltraject (fase 2). In deze fase is het mogelijk en wordt het gestimuleerd om samen te werken met een kennisinstelling en/of andere ondernemingen.
Fase 2 betreft het onderzoeks- en ontwikkeltraject. Het resultaat van fase 2 is een getest prototype, beperkte nul-serie of proefproject van het product, proces of dienst.
In fase 3 van het Innovation Impact Challenge-programma kan de overheid zich opwerpen als grote innovatiegerichte inkoper om als eerste de nieuwe technologie aan te kopen. Ondernemers ontvangen hiermee een uitstekende kans tot het vermarkten van de eigen ontwikkeling. De overheid financiert deze fase echter niet.